در ریشهها نیز عمل تنفس با استفاده از هوای موجود بین ذرات خاک انجام میشود و چنانچه برای مدت طولانی فضاهای موجود بین ذرات خاک از آب پر شود، بسیاری از گیاهان دچار خفگی ریشه شده و آثار آن پس از مدتی در بخش هوایی ظاهر میشود. از جمله این آثار بی رنگ شدن شاخه و برگهای نورسته ، ریزش اندامهای تولید مثلی و توقف در شد گیاه است. در عدهای از گیاهان مردابی انشعاباتی از ریشه به خارج از آب در آمده تشکیل اندامهای تنفسی به نام شش ریشهها را میدهند که برای تبادل هوا کمک موثری به شمار میآیند.